L’altre gran projecte que va dur a terme la Fundació Hortensia Herrero va ser la restauració de l’església de Sant Nicolau de Bari i Sant Pere Màrtir. El temple és, probablement, el millor exemple de convivència d’un temple d’estructura gòtica del segle XV amb decoració barroca del segle XVII que trobem a la ciutat de València. L’església es va construir sobre una antiga mesquita musulmana, de manera que s’engloba en el que es denomina les primeres dotze parròquies cristianes. Va ser declarada l’any 1981 Monument Historicoartístic Nacional. La intervenció de la Fundació es va dur a terme en les fatxades de la capella de la Comunió i en la fatxada neogòtica de la plaça de Sant Nicolau, i també en els finestrals de l’església. La fatxada neogòtica presentava importants problemes derivats de les humitats produïdes per filtracions d’aigua. A això s’unia el deteriorament dels elements decoratius de la fatxada. Igualment, presentava una important clavill originat per la separació del cos superior de la fatxada i del mur lateral, amb el consegüent risc de desprenimen.
Totes les obres de restauració escomeses tenien no solament l’objectiu de recuperar l’aspecte estètic visual, sinó també la preservació de les pintures de l’interior que, sens dubte, haurien patit danys irreparables, que són un dels principals valors del temple i que han de ser parada obligatòria per a qualsevol visitant del nucli històric de València. Pel que fa a la capella de la Comunió, les principals patologies residien en el mal estat de les bigues i elements de sustentació. El mal estat de les fusteries de la capella, juntament amb la dificultat d’accés per a la seua obertura, ocasionava greus problemes de ventilació en el local, que havia afectat les pintures, els daurats i els revestiments en general. En estes fatxades, després d’un laboriós estudi de les diverses i successives capes de pintura que s’havien superposat al llarg de la seua història, es va recuperar un estat aproximat al que hi havia en el segle XVIII. Pel que fa a les vidrieres, notablement deteriorades, es van restaurar i es van reparar les deficiències a nivell arquitectònic.
Amb la renovació de las vidrieres es va aconseguir també millorar la ventilació del temple, la qual cosa millorava, al seu torn, els problemes d’humitat que tenia.